アイテムの増減をスクリプトで行うには

$gameParty.gainItem($dataItems[アイテムID], 個数)
 
$gameParty.gainItem($dataItems[3], 12)  //アイテムIDが3のアイテムを12個増やす
 
$gameParty.gainItem($dataItems[3], -99) //アイテムIDが3のアイテムを99個減らす
$gameParty.loseItem($dataItems[3], 9)   //アイテムIDが3のアイテムを9個減らす
 
$gameParty.consumeItem($dataItems[3])   //アイテムIDが3のアイテムを消費する

アイテムタイプ

【アイテムタイプ】
 1:通常アイテム
 2:大事なもの
 3:隠しアイテムA
 4:隠しアイテムB
$gameMessage.setItemChoice(代入する変数,アイテムタイプ)
 
$gameMessage.setItemChoice(1,3) //変数1に隠しアイテムAのアイテムIDを代入

参考